劳动者加班工资计算基数应为劳动者应得的工资，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴、补贴等货币性收入。用人单位与劳动者明确约定奖金、津贴、补贴等项自不作为加班工资计算基数的，从其约定，但约定的正常工作时间工资低于当地最低工资标准的除外。
用人单位与劳动者未书面约定实际支付的工资是否包含加班工资，但用人单位有证据证明已支付的工资包含正常工作时间工资和加班工资的，可以认定用人单位已支付的工资包含加班工资，但折算后正常工作时间工资低于当地最低工资标准或者计件工资的劳动定额明显不合理的除外。
另一种意见：用人单位与劳动者对月工资有约定的，加班工资基数应按双方约定的正常工作时间的月工资确定;如双方对月工资没有约定或约定不明的，应按劳动合同法第十八条规定确定正常工作时间的月工资，并以确定的工资数额作为加班工资的计算基数。如按劳动合同法第十八条规定仍无法确定正常工作时间工资数额的，对加班工资的基数，可按照劳动者实际获得的月收入扣除非常规性奖金、福利性、风险性收入等项目后的正常工作时间的月工资确定。如工资系打包支付，或双方形式上约定的“正常工作时间工资”标准明显不合理，或有证据证明用人单位恶意将本应计入正常工作时间工资的项目归入非常规性奖金、福利性、风险性收入等项目中，以达到减少正常工作时间工资数额计算目的的，可参考实际收入*70%的标准进行适当调整。按上述原则确定的加班工资基数均不得低于当地月最低工资标准。
案情简介：
周某系某电子公司的员工，于在职期间向公司提起了追索加班工资差额的劳动仲裁。周某认为，其工资由基本工资(为上海市最低工资标准)和职务津贴两项构成，但公司在计算加班工资时，仅以基本工资作为计算基数不合法，应当以工资总额作为计算加班工资的基数，故要求公司补足差额部分。公司认为，将基本工资作为加班工资的计算基数，在劳动合同和公司规章制度中均明确规定，双方也按照这一约定已经履行两年，周某从未提出过异议，并且，每月的加班工资在发放前五日均需由本人确认无误后才发放的，而周某也从无异议。因此，公司认为，公司以基本工资作为加班工资的计算基数并无不当，请求驳回周某的申诉。
经审理后，劳动争议仲裁委员会裁决不支持周某的申诉请求，后周某不服该裁决，就这一问题起诉至法院要求公司按照每月工资总额计算加班工资，支付起诉之日起前两年的加班工资差额5800元。
律师分析：
法律并没有明文规定加班工资的计算基数如何确定，目前存在两种意见：1.加班工资的计算基数不可以由双方约定，只能确定为劳动者正常工作时间的工资，而劳动者正常工作时间的工资为劳动者全部所得;2.加班工资的计算基数可以约定，但不得低于最低工资标准。
本案中，受诉法院采纳后一种意见，认为周某与该公司签订的劳动合同是双方真实意思的表示，所约定的加班工资的计算基数为基本工资，该基本工资不低于上海市最低工资标准，故这一约定合法有效，最终驳回周某的诉讼请求。
最高人民法院于2009年7月14日下发的《关于当前形势下做好劳动争议纠纷案件审判工作的指导意见》中第8点规定：加班费的确定，应当结合劳动合同约定、劳动者的岗位性质以及工作要求等因素综合考量、合理裁判。故该案仅针对个案，但未必具有普遍效力。为避免加班工资争议的产生，用人单位与劳动者可以约定将不低于最低工资标准的基本工资作为加班工资计算基数，但为慎重起见，还应当同时考虑到基本工资与正常工作时间工资在概念进行衔接，并明确各种奖金、津贴、补贴的性质及发放方式。